Son relativamente importantes y frecuentes en cobayas debidos a una gran diversidad de factores, los síntomas clínicos incluyen disnea, sonidos respiratorios anormales, estornudos, descarga nasal, pérdida de peso, inapetencia, depresión y muerte si no se pone tratamiento a tiempo. La etiología más frecuente es Bordetella bronchiseptica. Otros roedores y los conejos pueden transmitirla a las cobayas. Una terapia a tiempo hace que respondan bien pero pueden quedar como portadores en las vías respiratorias altas y actuar como reservorios de la enfermedad. Otra bacteria que puede producir neumonía en cobayas es Streptococcus pneumoniae puede ser mortal y los animales en gestación pueden abortar. Podemos encontrar portadores asintomáticos. En animales en los primeros estadíos de la enfermedad la terapia antibiótica es eficaz. Klebsiella también se ha relacionado con problemas respiratorios. El tratamiento consiste en antibióticos adecuados, broncodilatadores, vitamina C y mucolíticos.
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